Situé au nord-est de la collégiale, le cloître a sans doute été reconstruit au début des années 1380 sur des fondations plus anciennes. A l'angle sud-ouest, mention d'une rénovation en 1551. Restaurations en 1899, 1906 et 1964. Rectangle de seize arcades sur neuf, géminées et brisées, la plupart trilobées. Toit en appentis; à l'origine, une voûte d'ogives avait été prévue, comme le laisse supposer la présence de culots.           
Aile sud. Elle donne accès à la collégiale par son portail nord qui remonte au dernier quart du XIIe siècle: supporté par deux colonnettes à chapiteau sculpté de motifs floraux, le précieux tympan du XIe siècle, témoin du bâtiment antérieur, est constitué d'un bas-relief très stylisé: disque timbré d'une croix grecque gemmée, flanqué d'un lys et d'un lion. Tourelle d'escalier polygonale de style gothique tardif permettant d'accéder à la tribune, portant les initiales MF et la date de 1612; flèche reconstruite en 1965. Fragment d'une peinture murale du XVe siècle représentant une Annonciation, restaurée en 1977.
Aile est. Maison des oeuvres, dont la cour s'ouvre sur la rue du 23-Juin (voir ci-après), reconstruite aux XVe et XVIe siècles à l'emplacement d'un immeuble de 1322. A l'intérieur, plafonds en stuc de style Régence. Du côté du cloître, fenêtres gothiques provenant de différentes phases de construction et tourelle d'escalier sur plan de fer à cheval; restauration et reconstruction de la toiture en 1970/71. Près du portail qui conduit à la rue du cloître, petit tympan semi-circulaire muré, d'époque pré-carolingienne, orné d'un décor d'encoches concentriques et de boutons.
Aile nord: Musée lapidaire, reconstruit en 1981/82 à l'emplacement de l'ancienne église paroissiale St-Pierre, qui avait été démolie en 1898 jusqu'à la hauteur du toit du cloître et remplacée par un dépôt. Les plus anciennes traces de construction remontent au VIIe siècle. Eglise rectangulaire à une abside édifiée vers l'an 1000, transformée au milieu du XI' siècle. Agrandissement de cette église par un choeur carré au cours du XIIe siècle. Le linteau de la porte, du côté du cloître, est orné d'une croix pattée, qui est probablement un remploi d'une dalle funéraire de l'époque carolingienne. Au choeur, fragments de piliers d'angle, niche murale de style gothique et traces de baies romanes. Les fouilles archéologiques réalisées en 1903/04, 1958 et surtout de 1965 à 1974 ont mis au jour le plus important ensemble de sarcophages monolithiques du haut moyen âge découvert jusqu'ici en Suisse. La plupart de ces sarcophages ont été laissés en place et sont visibles à travers le sol grillagé. Original de la statue de saint Jean Népomucène, de 1731, provenant du pont de Saint-Ursanne.    
Aile ouest. Dans l'axe central se trouvait une chapelle consacrée à saint Antoine, mentionnée en 1403, détruite au XIXe siècle.

Informations tirées en majeure partie de cet ouvrage : Berthold, Marcel, Arts et monuments. République et Canton du Jura, Ed. Bugra Suisse 1989