Construction: 1147/77
Dédiée à: Saint Michel

Miserez fut l'emplacement attesté d'une villa ou d'un temple romain et ses ruines furent utilisées comme lieu de sépulture au haut moyen âge.

Ce fut jadis la chapelle du prieuré même de Miserez, dont l'établissement, sous la crosse de l'Abbaye Saint-Paul à Besançon, remonte au XIIe siècle. Dans la ferme et les dépendances voisines résidaient les chanoines réguliers de l'ordre de Saint-Augustin, exploitant les terres de leur maison, en même temps qu'ils pourvoyaient, avec tous les droits paroissiaux aux besoins spirituels du village. Le chœur a été reconstruit en 1506, puis la nef en 1667 et 1681 après les dévastations de la guerre de Trente Ans. Sous le règne de Christophe Blarer de Wartensee, un acte de Clément VIII en 1593 incorpora à perpétuité au Collège des Jésuites de Porrentruy le prieuré avec ses dépendances et ce fut une ère de prospérité qui se termina en 1773, lors de la suppression de l'Ordre des Jésuites. Sous la Révolution le domaine fut vendu, mais en 1857, la générosité de Melle J. Béchaux, en cédant la chapelle à la paroisse de Charmoille, la rendit au culte.

Restauration en 1970/72.

Cette église constitue un bel exemple de style gothique tardif.

Pendant la belle saison, célébration de la messe, et célébration de funérailles pour les résidents.